自病原生物学系成立以来，《医学微生物学》一直作为面向不同学制及专业的本科生的必修课程之一。2009年在庄辉院士带领下，《医学微生物学》获得国家精品课程（线下课程，课程负责人：庄辉）。随后，在2013年《医学微生物学》获得国家级精品资源共享课（线上线下课程，课程负责人：庄辉、彭宜红）。2020年教学团队在《医学微生物学》基础上，新开设《BSL-2实验室中流感病毒分离鉴定虚拟仿真实验》课程，并获得了国家一流本科课程（课程负责人：彭宜红）。此外，《认识新型冠状病毒SARS-CoV-2》线上课程也分别于2020年和2022年在中国医药学研究生在线教育平台和病毒学领域教学资源共享服务平台上线（课程负责人：彭宜红）。

　　《医学微生物学》教学团队获2010年度教学优秀集体奖、2016年和2020年获医学部优秀团队奖。“面对特殊挑战，建立《医学微生物学》实验课程新体系”获得2012年度校级教学成果二等奖。“建立服务新时代医学人才培养的《医学微生物学》线上线下实验课程体系”获得了2021年度北京大学教学成果一等奖和北京大学医学部教学成果一等奖。