病原生物学系为2000年3月由基础医学院原医学微生物学系和医学寄生虫学教研室合并而成。其中，原医学微生物学系由其前身北京大学医学院细菌学系（1942年由林宗扬教授任第一任系主任），寄生虫教研室在1946年由冯兰洲教授组建。病原生物学是基础医学的主干学科之一，它对医学乃至生命科学的发展及医学新兴技术产业的兴起均具有重要意义。合并后，病原生物学系主要从事病原生物学（包括医学微生物学和医学寄生虫学）的教学和科研工作。病原生物学是基础医学的主干学科之一，它对医学乃至生命科学的发展及医学新兴技术产业的兴起均具有重要意义。